然后根据二乘残差的总和大小将所有上海亲子鉴定基因类型组合进行排队，二乘残差总和最小的基因类型组合被假定能给出针对数据的最佳匹配。这里“最佳匹配”没有被解释为上海亲子鉴定最可能组合是非常重要的。很可能上述列表是以上海亲子鉴定概率近似值的顺序排列的，但是不应该假定二乘总和在任何方式上和概率相关。有限的实验表明，在最好的500个选择中出现正确-+-/次组合的时间占75%(记住可能组合的数量有数百万个）。针对那些最优匹配不在最好的500个选择中出现的例子进行的考察表明，这是PCR过程的内在可变性造成的结果。正确选择的未命中是在这样的情况下发生的，例如，当主组合在一个基因座上产生了两个较小尖峰的时候，这和预期正好是相反的。
