分析是在同源反应中进行上海亲子鉴定高通量SNP分型技术

作者:strdna  

上海亲子鉴定高通量SNP分型技术·SNPstream技术SNPstream技术是Orchid公司推出的一套自动化、超高通量基因型分析系统。该系统将多重PCR技术与SNP-ITTM标签阵列单碱基蛊延伸测序技术巧妙地结合在一起。它使用的是寡核苷酸微阵列,采用了一种全新的玻璃底座的384孔板,多重PCR反应与基因型分析是在同源反应中进行的,然后由软件从双色荧光中读出实验的结果。这个上海亲子鉴定系统的灵活性在于既适合于对包含成千上万个SNP 和成千上万个样品的大项目进行低成本分析,又适合于对包含成百上千个SNP 和成百上千个样品的小项目进行低成本分析。该系统需要三条引物,即一对PCR引物和一条SNP-IT引物。PCR引物一般为20-25bp,SNP-IT引物一般为40~45bp,SNP-IT引物由以下两部分构成:5'端20bp的序列与微阵列中的对照标签互补;3'端25bp的序列能够形成3'互补,从而完成在SNP-IT反应中的延伸。引物的设计均采用Orchid公骤逛的基于网络的引物设计工具Autoprimer.com,此网络工具一次可以输入200个序列,每个序列上有一个SNP位点。Autoprimer.com设计工具阅读每个序列并设计三条引物。在384孔板中可以进行5pm的PCR反应,上海亲子鉴定PCR反应之后,霱要进行PCR产物的清洁和延伸反应,然后进行SNP成像分析。SNPstream成像[是基于两种激光产生两种颜色的方法,每个样品首先用488nm的激光照射,然后是532nm激光的照射,以上海亲子鉴定激活固定在UHT微阵列板上的寡核苷酸的荧光。SNPstream是一个自动化的多元系统,在384孔板上的每一个孔中,既可.

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