不同子种群的比例和这些子种群在等位基因概率上的差异将影响这种不平衡的枢度。不同子种群之间在等位基因概率上的差异越大，则最终的不平衡幅度越大。Excoffier283注意到，种群的再分也会制造出大量已观察到的等位基因和更多罕见的等位基因。第一个被法医学界详细观察和研究的人类种群是英国与美国的高加索人种群。这些种群由起源于英国和欧洲不同区域的子种群构成。研究表明，_本质上在欧洲或在英国的高加索人子种群之间仅存在很小的差异。虽然这些差异是真实的，79，152，566但是它们（这些差异）却很小，因此这些差异引起的连锁不平衡效应就相当小。在乘积法则中，在对非常低的基因型概率进行概率值分配时，这些连锁不平衡效应带来的偏差相当小。
