除此之外，各大洲的人群具有其特异性的限制酶变异。在非洲，，75％的人群在mtDNA第3592位有独特性的HpaI、Ⅲ型位点。在欧洲，68％的人群属于4个欧洲特异性的mtDNA家系，家系1在mtDNA第10 394位和第3592位分别丢失了Dde I 位点和Alu I 位点；其余3 个家系j 都拥有】0394位的D位点，但家系Ⅱ在mtDNA第1715位和第4592位分别丢失了DdeI和HaeⅡ位点，在第8249、10 028 和163 89 位则获得了Ava Ⅱ、Alu -I及BamH I/mtDNA bol 位点；家系Ⅲ在第13 704 和第16 065 位分别丢失了BstN I 和Rsa I 位点；家系Ⅳ在第9052 和第9053 位丢失了一个合并的HaeⅡ/Hha I 位点。在亚洲，mtDNA的家系较复杂，但主要由第10 394位的DdeI和第10 397位的A詉1位点分成两大类：单倍型群(haplogroup) A、B 和F属于Dde I 和Alu l 位点缺乏型，其中A型在第663位获得了HaeⅢ位点，B型在第8271到8281位有一一衍9的缺失，而F型在第12 406位有一个HpaI/llincⅡ的联合丢失，在16 517 位获得了一个HpaI位点；单倍型群C和D属于D和A位点存在型，其中C型在第13 259 和第13 262 位分别有HincⅡ位点的丢失和Alu I 位点的获得，..p型则在第5176位有AluI位点的丢失。
单倍型群B被亲子鉴定发现起源于中国的东斑部，沿着亚洲海岸扩散，最终到达太平洋群岛并固定下来。亚洲特异性mtDNA手多态型的4个单倍型群A、B、C和D被发现随着印第安人从亚洲迁移到美洲。几乎所有的现代美洲人群的mtDNA变异都起源于这4个单倍型群，同时在东西伯利亚也发现了单倍型A、C和D的分布，并由南到东北逐步上升。进一步的研究掌明单倍型群A、C、D之间的顺序多样性为0.053～0.096，而单倍型群B的只有0.024，故推测单倍型群A、C、D从西伯利亚通过白令海峡的陆桥到达美洲大陆，h随着陆桥的消失，这些单倍型群在西伯利亚和美洲开始了独立的变异，而单倍型群B则是后来才通过水路到达美洲的。总之，作为进化研究中的最新工具之一，线粒体DNA亲子鉴定正越来越受到人们的，重视，相信随着其分子性能的进一步完善，在不久的将来人类起源这个千古之谜的破译会取得突破性的进展。
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