这种情况的结果是，案例工作亲子鉴定样本可能被基于实验室的污染所影响，而基于实验室的污染并没有表现在阴性对照中，反之亦然。然而，阴性对照作为过程的“健康检查”措施还是具有重要的功能。阴性对照会指出伪等位基因的出现率。我们需要将这个出现率维持在最小的水平上。在LCN领域，为了确定基于实验室的污染是否被再生性扩增了，我们建议使用阴性对照(replication 。如果不是这样，那么我们认为，没有先验性原因可以使得我们假定在阴性对照中观察到的等位基因已经影响了相关的被采集样本。当我们使用LCN模板的时候，承认我们不可能完全避免基于亲子鉴定实验室的污染是非常必要的。通过复制的方法这个问题可以得到改善。在LCN案例中，因为初始样本的量是有限的，因此执行亲子鉴定DNA提取的独立实验次数超过3次以上是不可能的。假如样本的数量很大（DNA的浓度超过了100pg)，那么我们无需使用LCN方法。
