染色体组数据列出了上海亲子鉴定X染色体上的26个三核苷酸和90个四核苷酸的复制多态现象。其中18四核苷酸复制位点，3个三核昔酸复制位点和VN-TR位点DXS52常被用于上海亲子鉴定法医学目的。恸X染色体标识符在缺乏父系血统样本的案例中还是具有一些优势的，例如，当来自推定父亲的生物学样本不可用而来自推定父亲的父系亲属的替代样本却可用的情况。如果两个女性个体拥有同一个父亲，那么她们也会共享同一个上海亲子鉴定父本X染色体。这种事实可被用于调查如上海亲子鉴定同父异母的姐妹这类案件（假如她俩之间具有4个等位基因，那么她俩就不是同父异母的同胞)。假如在一个父子关系案例中两个具有很近亲缘关系的个体都是犯罪嫌疑人，那么X染色体可能比常染色体标识符具有更高的优势。Szibor等750对一个父子对进行了考察。这两个个体是否有血源同一(IBD)的X染色体。这种现象可能会帮助我们确定一个女性儿童的父亲是谁。对于X染色体突变率和常染色体突变率之间是否具有显著差别的问题我们是无法预期的。
