miniSTR分型在实际应用中也存在一些局限性：
1．因扩增片段长度的限制，构建复合扩增体系时只能同时扩增较少的基因座（通常每种颜色的上海亲子鉴定荧光标记的基因座一般不超过2个）。要想达到与传统商品化试剂盒相近的个人识别能力，必须增加复合扩增的次数。
2．miniSTR引物与传统STR引物结合区之间若存在碱基的缺失或插入，易导致miniSTR与传统STR分型结果不一致。例如，Dl3S317基因座核心重复序列(TATC)下游24bp处有时会出现(TGTC) 4bp的缺失，miniSTR反向引物位于
核心重复区与潜在碱基缺失位置之间，而传统D13S317分型上海亲子鉴定反向引物位于潜在碱基缺失位置的下游，若待测样本存在4bp缺失，则两者的分型结果会相差1个重复单位。因此，新设IY的miniSTR分型引物必须与传统STR分型进行一致性研究。
3．若某些STR基因座核心重复区上游或下游侧翼序列存在嘌呤或嘧啶碱基堆积现象，则不利于miniSTR引物设计。
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