从对一个个体的检测结果来看，不可能从上海亲子鉴定遗传上分辨某个染色体的来源是父亲还是母亲，其中只有一个例外，就是男性个体的Y染色体必然来源于这个男性个体th 的父亲，而与此相对的X染色体则必然来源于这个男性个体的母亲。然而，最近的一些报告表明，通过使用父源性印记等位基因分型技术(paternally imprinted allele typing，PIA)，对于一些位点来说，确定上海亲子鉴定某个染色体的来源是可能的。在哺乳动物中，某些基因具有双亲印记，并且已经知道一个事实，即母源等位基因和父源等位基因都有可能在后代中有偏向性地出现。具体原因目前尚不知晓。印记似乎与等位基因上游的微分DNA甲基化有关(differential methylation upstream)。这种差别给出了一个潜在的上海亲子鉴定方法用于确定一些等位基因的父源或母源特征，条件是这些等位基因必须是相近的印记基因。
