上海亲子鉴定荧光染料基团作为标记物的基本要求是经过激光诱发的吸收光谱波长在可见光波长范围内，不影响延伸反应，不影响标记后DNA片段的电泳性质。其次要求4种荧光的吸收和激发光波长要有足够的差异，便于检测。荧光染料掺人的方式有两种：一种是将荧光染料预先标记在测序反应通用引物的5’端。．上海亲子鉴定4种荧光标记形成4种标记引物，测序反应分4个反应管进行，特定的荧光染料与相应的ddNTP是对应关系，例如荧光示踪染料J()E标记的通用引物总是与ddATP加同一个反应管内．因此由ddATP终止的所有延伸链都带有J()E。这种方式被称为Dye-Primers。另一种是将荧光染料基团连在ddNTP上，4种荧光染料分圳与4种cidNTP底物连接，反应产生的4组DNA片段分别由特定ddNTP所终止，并且标记有4种不同的荧光发色基团，A、C、G和T分别携带有绿、红、蓝、黄4种.
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