同源重组在减数分裂的前工期，上海亲子鉴定中心司法研究所同源染色体两两配对形成联会复合体。同源重组(homologous recombination)指发生在联会复合体内同源染色体的两条非姐妹染色单体之问的遗传物质交换。
同源黍组中，发生交换的DNA的两个区域的核苷酸序列必须是相同或很相似的，且两个DNA双链分子的交换链间碱基是互补的，交换链双方以碱基互补为基础相互识别，确保重组只发生在同样的基因座之间。小卫星DNA结构特点符合上述条件。
在大肠杆菌中，上海亲子鉴定中心司法研究所同源重组可以起始于X序列的识别，导致位于X序列3’端的核苷酸切除，如5’-GCTGGTG(.GGTT/G/CCT-3’序列中位于)C序列（下划线所示）3’端第4、5、6个核苷酸（黑体字母）之间的磷酸二酯键被切开，在DNA双链相应位置形成缺刻，继而引发同源重组筑多个人类小卫星核心序列与X序列同源，因此被认为是基冈组中重组的热点序列。
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