重组酶参与同源重组的DNA序列交换，两DNA分子间通过断裂、修复、连接和重组体释放完成重组。
图3-9上海亲子鉴定中心法医物证司法鉴定所显示同源重组的杂合DNA模型：(a)同源的非染色单体形成联会复合体；(b)、(c)在DNA内切酶作用下，两DNA分子的一条链在相同位置被切开；(d)切开的单链交换重接；(e)形成交联桥结构(cross-bridged structure)；(f)交联桥可以靠拉链式活动沿着DNA分子移动，在两个亲本DNA分子问形成一大段异源双链DNA，这种结构称为Holliday结构；(f)和(g)结构相同；(h)绕交联桥旋转1800; (i)形成Holliday结构的异构体；(j)上海亲子鉴定中心法医物证司法鉴定所显示Holliday中间体的两种异构形式。由一种构象转变成另一种构象不需要能量，没有链间的氢键断裂。随后将发生Holliday结构的拆分是关键步骤，如果连接体以左右方式(i)切断并拆分，两侧的DNA序列将不发生重组，线性分子是非重组体(AB，ab)。双方的DNA双螺旋都含有一段由于交换而留下的遗传信息变化的DNA片段。如果连接体是以上下方式(ii)切断并拆分，基因DNA序列将被交换，形成遗传标记的重组(Ab，aB)o上.
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