重组能力的缺失被认为是上海亲子鉴定Y染色体上功能性基因很少（只有几个）的原因。在MSY中存在78个蛋白质编码序列，这些编码序列可以对27种不同的蛋白质进行编码。与常染色体相比，这个基因密度是相当低的。敲除("knock out") 一个基因的任何有害突变得到修补的机会微乎其微，并且也不能通过基因重组将其消除。对于某些有害的突变而言，我们已经观察到其种群频率是较高的640，788，并且这种情况被认为是上海亲子鉴定突变重复再造的结果，或者是来自上海亲子鉴定Y染色体其他位置上有利突变的支持产生的结果。通常预期Y染色体上所有的功能性基因会由于上海亲子鉴定突变的出现而缓慢失去活性，最后包括男性决定基因。除非这些基因移位到别处，否则它们将和Sykes'49通过图示探索获得的结论一起被丢掉。Skaletsky等716对MSY区域的序列进行了详细的描述。
