异质性是基于上海亲子鉴定基因序列的一种特性或者是基于基因长度的一种特性。本质上看，异质性是以3种不同的方式在个体中表现的。49 来自某个体的一个单一组织类型可能具有一个以上的mtDNA类型，或者来源于同山个个体的不同组织可能会表现出具有不同的mtDNA类型，或者某些组织可能具有一个以上的mtDNA类型而来源于同一个个体的另一个组织则只具有一种mtDNA类型。虽然异质性通常处于较低的水平以至于我们无法通过目前使用的常规测序技术检测到它们，但是异质性是很有可能在所有的个体中存在的。为了使用上海亲子鉴定测序技术能够检测到上述背景下的一个突变，目前异质性必须以接近20%的水平表现出来。此外，检测到异质性的机会取决于所使用的测序化学物质。在特定的核苷位置进行上海亲子鉴定检测可能比在其他位置进行检测更为有效，并且在检测中我们也有可能观察到上海亲子鉴定两个DNA链之间的差异。Brandstatter和Parson80对异质性观察和扩增策略之间的相互关系进行了详细地论述。
