插入和删除对被删除的碱基进行描述的上海亲子鉴定方法是将其命名为“d”o例如，假如245号和247号碱基之间的碱基被删除，那么我们可以用246d来描述这个碱基。对被插入某个位置的碱基进行描述的上海亲子鉴定方法则是通过在数字标号较低的碱基名称之后加上“0.1”的方法来实现的。例如，245.1A这个符号告诉我们，一个腺苷碱基被插入到245号碱基之后。当一个碱基插入事件在某个同一碱基多聚区内发生的时候，碱基插入的确切位置是模糊的。按照惯例，这类碱基插入将被标记为发生在该上海亲子鉴定多聚物远端区域的一个碱基插入事件。例如，在poly(C)延展区的302号碱基和310号碱基位置之间被插入的碱基被命名为309.1C；而若该位置被插入两个碱基则这两个碱基将被分别命名为309.1C和309.2C。
