影响亲子鉴定DNA分型准确性的另一个重要因素是污染。基于亲子鉴定PCR技术的STR分型具有很高的灵敏度，少量DNA污染都会被检测出来，导致样本分型错误。样本提取、送检和实验室检测分析等每个涉及样本处理的环节都可能对样本造成污染。常见的亲子鉴定污染情况为，样本交叉污染、环境中基因组DNA污染，样本提取送检人员对样本的污染，检测分析人员对样本的污染，实验室环境DNA污染，产物回复污染等。样本提取、送检、检测技术的规范，DNA分析实验室的合理分区隔离，实验器材亲子鉴定严格隔离等措施，可有效降低污染发生率。：DNA提取、扩增空间保持通风洁净，可减少气溶胶污染。每批次检测分析中，用纯水替代模板DNA设置的阴性对照，可监测实验环境DNA造成的污染。建立所有可能涉及样本处理的人员，甚至实验消耗品产、供人员的亲子鉴定STR分型数据库，有助于及时发现污染及污染来源。污染的常见分型结果是在数量不等基因座检出多个等位基因，甚至出现ladder样图.
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