一般情况下上海亲子鉴定中心不在同一条染色体上的标记是相互独立的，位于同一染色体上物理距离大于IOMb以上的也相互独立，没有连锁关系。观察发现，位于同一染色体上物理距离小于lOMb的标记多存在连锁关系。
当两个遗传标记处于连锁不平衡状态时，需要用单倍型频率来描述和评估群体的遗传结构，计算相夫参数。单倍型是指连锁基因座等位基因的组合，构成单倍型的等位基因呈连锁遗传。确定常染色体上遗传标记的单倍型需要进行家系调查，而上海亲子鉴定中心母系遗传的mtDNA和父系遗传的Y染色体遗传标记则可以根据个体分型的结果直接确定单倍型。
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